Звёздные врата Атлантис. Сезон 1
Премьера первого сезона состоялась в США 16 июля 2004 года. Экспедиция под командованием доктора Элизабет Вейр отправляется в город Древних, Атлантиду. Они достаточно быстро попадают в серьёзную переделку и вынуждены искать союзников в этом новом мире, однако вместе с ними они находят и новых врагов — Рейфов. Отрезанной от Земли экспедиции нужно попытаться своими силами разобраться с технологиями Древних и найти способ победить рейфов. Майор Джон Шеппард создаёт команду «первого контакта» из себя, Родни Маккея, лейтенанта Форда, и лидера Атозианцев — Тэйлы Эммаган. Во время одной из своих первых миссий они «зарабатывают» себе еще одного врага в лице Дженаев — милитаристической человеческой цивилизации с технологиями на уровне 50 годов. Сезон заканчивается на «неоднозначном финале» когда Атлантис находится под осадой Рейфов.

Звёздные врата Атлантис. Сезон 2
Премьера второго сезона состоялась в США 15 июля 2005 года. События этого сезона начались с того момента, где закончился первый сезон. Атлантиде удалось избежать уничтожения города рейфами и заставить их поверить в уничтожение города. Также членам экспедиции удаётся наладить периодическую связь с Землёй благодаря новому линейному крейсеру Земли, Дедалу, и новому МНТ. Шепард получает повышение до подполковника, а бывший беглец Ронон Декс занимает место лейтенанта Форда в команде.

Основная сюжетная линия этого сезона строится на исследованиях доктора Беккета по созданию ретровируса, способного превращать рейфов в людей. Первые опыты с незаконченным вирусом приводят к плачевным результатам с девочкой-рейфом и чуть не заканчиваются превращением Шепарда в жука-ирактуса. Испытания улучшенной версии приводят к неоднозначным результатам с рейфом Майклом. Сезон снова заканчивается «неоднозначным финалом», когда флот рейфов начинает свой полёт к Земле.

Звёздные врата Атлантис. Сезон 3
Премьера третьего сезона в США состоялась 14 июля 2006 года. Команде Атлантиды удалось остановить флот рейфов, не дав им достигнуть Земли. Потерпев очередную неудачу с ретровирусом, команда встречает третий год в галактике Пегас, всё еще находясь под опасностью нападения рейфов. Также в новом сезоне они находят еще более страшных врагов — расу асуранцев. Кроме того, в результате неудачного эксперимента они полностью разряжают свой МНТ и снова остаются без связи с Землей и защитного поля города. Очень скоро в космосе они находят затерянный корабль Древних, экипаж которого «конфискует» Атлантиду и выгоняет оттуда экспедицию, как только попадает в город. Командный центр Звёздных врат посылает в Атлантиду генерала О’Нилла и Ричарда Вулси с дипломатической миссией о восстановлении отношений между Землей и Древними и возврате экспедиции в город. Однако очень скоро О’Нилл и Вулси связываются с Землей и сообщают, что город был захвачен асуранцами, а все Древние были убиты. В конечном счете команде Атлантиды удается отбить город.

В последнем эпизоде сезона Земля наносит упреждающий ядерный удар по родной планете асуранцев с целью предотвратить строительство их флота, с помощью которого репликаторы Пегаса намеревались опять захватить Атлантиду. Асуранцы атакуют в ответ при помощи спутника с мощным лучевым оружием, но земной экспедиции удается вывести город из-под удара за счет отремонтированных репликаторами двигателей. Сезон заканчивается, когда Атлантида с земной экспедицией оказывается в космическом пространстве на полпути к целевой планете в условиях, когда заряда всех МНТ города должно хватить на 24 часа работы щитов, а доктор Вейр находится при смерти.

Звёздные врата Атлантис. Сезон 4
Четвёртый сезон начинается с того, что члены экспедиции отчаянно пытаются сохранить крохи энергии в разряженном МНТ Атлантиды и вернуть город в гиперпространство. Тем временем, их вовсю разыскивает полковник Картер на линейном крейсере «Аполлон». В тоже время, Родни Маккей решает активизировать в теле Элизабет Вейр (которая находится на грани смерти) асуранских нанороботов — это и спасает ей жизнь. Затем он составляет дерзкий план по краже асуранского МНТ, главным козырем в котором была Вейр. Результатом операции по плану Родни стало то, что Вейр оказывается в плену у асуранцев, а остальным — Шеппарду, МакКею и Ронону — удается сбежать от них лишь чудом. Картер становится новым лидером экспедиции, хотя многие еще надеются спасти Вейр.

Звёздные врата Атлантис. Сезон 5
Американский канал Sci Fi Channel заявил о продлении телесериала «Звёздные врата: Атлантида» на 5 сезон, съёмки которого начнутся в конце февраля 2008 года. Всего в пятом сезоне будет снято 20 серий. Премьерный показ ожидается осенью 2008 года. В 5-ом сезоне команде Атлантиды предстоит выбраться из ловушки, устроенной рейфами, в которую, угодит и команда прибывшая им на помощь. Жителям Атлантиды, также, предстоит познакомиться и с новым членом экспедиции — капитаном Элисон Портер, новым главой экспедиции — Ричардом Вулзи, узнать темную сторону Ронона и встретить новые расы, как дружественные, так и враждебные…